正確には

１００年使った道具には魂が宿ってしまうので、昔の人は一つの道具を９９年使用した時点で捨てるとのことです。
９９年目にして捨てられた道具は無念から魂を生じ、これが九十九神と呼ばれる妖怪に変ずるのです。
最初の文章と二番目の文章の間に何か決定的な矛盾があるような気がしますが、多分突っ込んではいけないことです。